Topônimo: "Maruim" é originário do termo tupi mberu'i, que significa "mosca pequena".
Segundo alguns historiadores, Sergipe nasceu em Maruim. Recentemente, a bióloga e historiadora Maria Lúcia Marques Cruz e Silva, filha de Maruim, expôs achados históricos do município. São milhares de peças e documentos que revelam o apogeu e a decadência do Empório de Sergipe. A força política desse município já foi tão grande que houve épocas em que existiam oito consulados, todos construídos graças às plantações de cana-de-açúcar e de algodão, os quais atraíam os europeus.
O primeiro povoamento nasceu no encontro dos rios Sergipe e Ganhamoroba, aos arredores do Porto das Redes (antiga Alfândega de Sergipe). Mas, como havia muitos mosquitos, a povoação se mudou do local.
Maruim já foi dependente de Santo Amaro e Rosário do Catete, somente vindo a ser emancipada após o governador da época, Manoel Ribeiro da Silva Lisboa, em 19 de fevereiro de 1835, elevá-la à categoria de vila e, logo em seguida, à de cidade.